NeuroRadio

ピュア雑談回。最近のNR、バイブコーディング、カメラ、帰国して気づいたこと等。 (2026/06/20 収録)Show Notes (番組HP):北沢太郎さん (出演回 #28, #29, #44, #66, #77, #94)ジブリ汗まみれJC回 (#46)Human anesthesia plasiticity論文鳩がどうこう論文おさかださん回 (#104)なちょ アグーチは一番でかいネズミにorientation columnがあるのか？という路線で一瞬ホットでした (萩ブレヒトまりんさん回 (#105) 今井研なべ屋 (若松食堂)メックとテコムとメディックメディアDr. こうしろうDr. 穂積はmedu4でしたDr. 盛永あかおにヒマラヤマイネンAnthony ZadorのSinging MouseCOSYNE雑談回 (#103)えーろChen SunNatural signalの仕事Emmy Awardをもらった生理研体験入学プログラム 是非活用して遊びに来てください(今年はあんまり岡崎にいないけど) (萩SONY α7VCannon EOS 6D富士フィルムのGFXSONY α7C2SONYのカメラ製品史B & Hケーラー照明シグマのプロダクトラインM型ライカタムロン f2.8 28-75 mmExposureは日本語だと露出らしい。 -0.3とか0とか言ってるのがそれ。”exposure time”とは全く関係がなくて紛らわしい (萩アメリカのトイレ事情コーラゼロの味の違いいろんな国のコーラをテイスティングしてる人たちによるリストサンペレ、ゲロルシュタイナー三井住友OliveイオンカードセレクトOTOTOYLosslessでサイズが小さくなるapple losslessはALACでした (萩Spotifyの創業者が題材のTVシリーズ: The Playlist五十嵐さんが日本のASCONAを作りたいと言っていた回 (#76)Bowei Research Conference 詳細は次回長濱さん（出演回 #51, #96）古館昌平さん (出演回: #62, #63, #80)フランジバック長Contax ZeissシグマのEF to Sonyマウントソニーα7シリーズではじめるオールドレンズライフごま鯖は今後も食べ続けますが、好きなゲイのボディビルダーがギランバレーになったのをyoutubeで観て鶏の生食はやめました(萩) APS-Cですがリコー GR IVの40 mm相当(IVx?)が出たら欲しいです。Fever-Treeのエルダーフラワーのトニックウォーターがコンビニで手に入れば最高 (脇) やはり10代後半-20代前半を過ごした福岡への思い入れが自分の中に沢山あることを再確認しました。あと、巨大なWAVファイルを持ち歩いてた中高時代の自分はアホだったなぁなどと。(藤)

東京科学大学 黒田研究室 特任准教授の小坂田拓哉さんゲスト回。NYUでのオキシトシン&社会行動の研究、久しぶりの日本での研究生活、NYCの思い出等。 (2026/04/10 収録)Show Notes (番組HP):小坂田さん (Researchmap, X, 文部科学大臣表彰若手科学者賞, 日本神経科学学会2026年度奨励賞)奥山さん (NR出演回: Part #1, #2)Dayu Linラボ小坂田さんのLinラボでの論文: Osakada et al., 2024アネグレットはしかわさんApollo Bagels ちなみにうちのラボMTGのベーグル: NY Cafe & Bagels, Bagels & Schmear. 個人的なおすすめはエッサ （藤）個人的にラボミbreakfastで好きだったのはここ. マフィンその他も美味しく買えるから自分で買うターンのときはよく買いに行ってた。ベーグル毎週飽きるからね。（小坂田）＜追記＞ここも美味しかったよ。ラボbreakfastには高級だけど、サンドイッチうますだったはず（小坂田）。自分もヘビーリピーターです。たしかShake Shackとオーナー同じ（藤）黒田先生SciBaby東原ラボ𡌶（はが）さんろんゆー𡌶（はが）さんのネイチャー論文: Haga et al., 2020Stephen Liberles小坂田さんのPhD論文: Osakada et al., 2018Ferrero et al., 2013Dulacの鋤鼻器の仕事: Isogai et al., 2011 ですかね？Dulac and Axel, 1995 こういうhistoricalなやつもあるよ。axel labでの仕事だけど。（小坂田）廣田先生（東工大、の2025年の論文）Maria ToschesSPINESトーク菊水先生（麻布大）吉原先生 (2026年度時実利彦記念賞)宮坂さん宮道さん (NR出演回)木本さんのCurrent Biology論文大久保さん （NR出演回）堀尾さんのネイチャー論文: Horio and Liberles, 2021ルーピン・インロンの論文(Mei et al., 2023)アンダーソンラボの2014年のネイチャー論文がはじめてEsr1をVMvlにマーカーとして導入: Lee et al., 20142011年のだゆの有名な論文: Lin et al., 2011Nirao Shahのグループはプロゲステロンレセプターのマーカーとしてよく使用: Yang et al., 2017Linラボに入って最初にrevisionを手伝った論文: Wang et al., 2019水口さんの論文: Minakuchi et al., 2024たかしさんのbioRxiv: Yamaguchi et al., 2025 (now out in Nature!)ステファノスの論文: Stagkourakis et al., 2023イノラボレベッカ・ピスコロウスキ史さん日本神経科学学会2026年度奨励賞Yulong Li森下先生佐藤先生長濱さん（NR出演回 1, 2）AMED-NYAS Interstellar InitiativeNectowラボDavid (Temple)ヒューマンフロンティアのグラントアスパイアー(私が本来mentionしたかったグラントは上ではなくこちらです。小坂田)池内先生梶村先生 (収録における言い間違い、こちらでお詫び・訂正させていただきます。小坂田)NYCマラソンの出場権を得る方法MJLos Tacos No.1千歳ラボ（NR出演回）Editorial Notes:働き方に関する議論は大変参考になります。しかし、いやなんでそれ知ってんの...？っていう情報が公開部分外で繰り広げられていて「僕は耳と目を閉じ、口をつぐんだ人間になろうと考えた」状態です。(or shouldn’t I?) (萩)オキシトシンというとASD治療との関連を考えてしまう世代なので、counter intuitiveに感じ印象的でした。ニューロモジュレータは奥が深い… (脇) ゲストインタビューのはずが、ついついいつもどおり話し込んでしまい、相談＆雑談中心のホーミー回になってしまいました。小坂田さんは、どこまでいってもフルマラソン後に実験してしまうヤバい人というイメージなのですが、とても親身で頼りになる素晴らしいメンターでもいらっしゃいます。(藤) 私のポスドク時代を強く支えてくれたneuroradioですが、今回はお声掛けいただきありがとうございます。このゆるゆるトークがどなたかの役に立つかはわかりませんが、neuroradioのbuzzの理由かつ魅力は萩さん、宮脇さんがリスナーを置いてきぼりにして進めていくところだったと思うので、それを踏襲させていただいたということにしておきます。聞き返してみると重要情報の抜け漏れが多々ありますが、おまけ情報やSocial behavior研究などに興味を持ってくださった方はどうぞおさかだまでご一報ください。(小坂田)

Johns Hopkins University、Neuroscience PhD Candidateの末岡陽太朗さんゲスト回。今年出た1つ目のPhDメイン仕事、theta precession、JHUやMITでの学生生活、など。 (2025/12/14 収録)Show Notes (番組HP):末岡陽太朗さん今回出版されたPhD1つ目の仕事: Sueoka et al., 2025Jim KnierimNoah Cowan最初のドーム論文: Jayakumar et al., 2019O’Keefe and Recce, 1993Phase coding（位相コーディング）theta precessionがsequenceの源になってるんじゃないかとSkaggsが1996年に予測した: Skaggs et al., 1996Sequenceを実際に証明: Foster and Wilson, 2007; Johnson and Redish, 2007Skaggsの話をした雑談回: #101前半と後半が2つのガウシアンになっている: Yamaguchi et al., 2002 Mike Hasselmoが2002に提唱したモデル: Hasselmo et al., 2002「Phase preferenceを見ると大体前半半分にでかいピークがある。後半の残り180度~」: ここでいう前半はplace fieldの前半に対応するとされているtheta phase (late phase）であることに注意。「後半」はplace fieldの後半（thetaのearly phase)を指している。（末）(place fieldでいう後半に）発火しているときは、’pro’cessionになっている: Wang et al. 2020Grid cellのtheta precession: Haftig et al. 2008Dragoi and Buzsáki 2006Giocomo labの論文: Campbell et al. 2018Schmidt, Diba, et al. 2009Circular linear regressionのメソッド論文: Kempter et al. 2012Chu et al. 2024 Jensen and Lisman, 1996SawtellラボEigenmaniaMossラボモナコ論文: Monaco et al. 2014昔のネイチャーでうちの猫の爪かなんかの...: 猫の歯でした笑（藤）Vivek JayaramanRachel Wilson安田先生生物学オリンピック(金メダル!)AFS哲学オリンピックBertrand RussellMichale FeeEmery BrownMatt WilsonDragonForce のギタリストは香港系の方だったんですね…。結局、自分も他文化への理解が浅いことを改めて反省…。（藤）FedorenkoラボJeremiah CohenKishore KuchibhotlaICの論文Noam ChomskyNatural NeuroscienceArseny Finkelsteinの最近出た論文: Finkelstein et al. 2025Burgalossi labの最近出た論文: Blanco-Hernández et al. 2024XPLANE (海外大学院留学支援コミュニティ)Editorial Notes:普段会ってもしょうもない話しかしない友人から、たくさん研究の話を聞けてとても楽しかったです。よーたろーの深い知見と説明力のおかげで素晴らしいTheta precessionの音声教科書が出来上がったと思います。(藤)今まで一視聴者として拝聴していたNeuroRadioでお話させていただけてとても光栄です！ちなみにDomeは部屋一つ分ほどの大きさがあり建設するのも大変で、Domeを作ってるうちに自然と筋肉がつきます笑 (末岡)一視聴者として拝聴しました。大変いいプログラムだなと思います(萩)これから空港とかで動く歩道の上を歩く度にこの論文の話を思い出しそうです (脇)

自然科学研究機構・生理学研究所にて独立する萩原賢太さんゲスト回。アメリカの現状と脱出に至る過程、立ち上げるラボでのプロジェクト、五十嵐ラボ@東北大、など。 (9/16 収録)Show Notes (番組HP):Position inquiry用連絡先: kenta.m.hagihara+recruit@gmail.com着任を待たずに准教授・助教公募を出せることになりました。学振PD、大学院進学を希望する方も是非早めに声かけてください。萩原ラボHP (beta) (新規ドメインとかいってハネられた場合こちらから)Allen Institute for Neural Dynamics生理研五十嵐さん五十嵐さん過去回 1 2,3 4 5藤島さんカレル北西さん回神経科学学会所長招聘セミナー直で教授になった萩原さんの先生生理研現所長・伊佐先生前所長・鍋倉先生生理研技術課自然科学研究機構の事務局NIPSリサーチフェローという独自フェローシップがある生理研大学院総研大大学院に興味のある方は体験入学制度もあるので是非FMIAllen/FMIでつかってるIVC(テクニプラスト社)奥山さん奥山さん回 1 2北村ラボ東大医学部教育研究棟GiocomoラボLeutgebラボMoserラボ部屋を11個作った研究Albert Leeの48mのでかい迷路デルタとかイプシロンとかiGluSnFR4Mini2pニューロモジュレーターを全脳で見るPerforated patch (pdf)レコーディングしてpost hocに染め物をするような研究RPEじぇれまいあIllana WittenのVTA深部イメージング論文スイスの元ボスAmygdalaのGRCGRC Basal GangliaVijay内田さんAMED五十嵐さんポスターさきがけ-生命力帰国発展研究Takaki Komiyama生理研トレーニングコースぶさきらぼSvobodaラボに行った五十嵐さん弟子の論文Buzsakiラボに行った五十嵐さん弟子の論文LongラボThomas McHughラボ金子先生くねりうむラボ: 正確には、新ラボメンバーにはまずジムがインプラントの手本を見せる。タイムリミットがあったプロジェクトでは結果的にジムが全部インプラントしたこともあった。とのことでした。ろーら・こるぎんpayline:上から何パーセントの申請書に予算が付くか年６回までしかNIH予算出せない河西先生R21R35東北大・国際卓越研究大学認定五十嵐ラボ＠東北大中川達貴さん大隅先生東北大学NeuroGlobal筒井先生松井先生佐々木先生坂野先生安田さんモーザーラボと東北大の合同セミナーMenno Witterアスコナギャツビー財団ピコカローニ狩野先生高橋先生インタビュー(pdf)横溝さん国家公務員の給料は国会議員を上回れないStanfordから東大経済が引き抜いた森郁恵先生Josh Johansen最近アナウンスした これにTomがBooってコメントつけてるのがウケる(萩)佐々木さんこれまでの過去ゲストがさんざん”参考になる”ジョブハント記録をシェアしてくれていたのに対して、あまり参考にならない体験談になってしまいました。ただ、日本の学会に顔出すとか人と会うとか、いらねーと思っていたMDが結果的に生きてくるとか「いい研究をすること」に加えて有効であったファクターのエッセンスは滲み出ているのではと思います。(1)給料水準 (2)給料着任までわからない文化 (3)着任まで異動を公表しづらい文化等、変わっていけばいいなと思います。大学医学部及び研究所の面接で何を聞かれたとか、スタートアップの額とかはシェアできるのでこっそり声かけてください。そしてラボ参加に興味ある方は是非お声がけください！ (萩)本当におめでとうございます！ラボの小部屋一つ収録スタジオにしましょう！(脇)記念すべき第100回エピソードが素晴らしいニュースで嬉しいです。第200回では何が起きるでしょうか。改めておめでとうございます！（藤）萩原君、あらためておめでとうございます！NRというコミュニティが研究者育成道場の役割を果たしているのだと思います。これから日本の神経科学を盛り立てて行ってください。日本の大学の給料や定年のメカニズムがよくならないのは、かつて教員は国家公務員であり、当時は国家公務員関連の法律に縛られていたのをいまだに引きずっているのが原因でしょうね。でも研究者獲得は世界レベルでの待ったなしの競争なので、世界水準の条件にどんどん変えていく必要があると思うのです。日本の国会議員は海外からオファーはもらえないけど、僕たち研究者は世界中からオファーがもらえますからね！日本の研究システムが少しでもよくなるよう、みんなで環境を良くしていきましょう！(五十嵐)

理研CBSの長井淳さん(@JunNagaiLab)ゲスト回(後編)。アストロサイトが日をまたいだエピソード記憶の安定化に寄与するという新作論文の解説、人の採用、PIとしていかに研究に時間を使うかなど (9/19 収録)Show Notes (番組HP):論文リンクTissueCyte (2p-tomography)Ai14 cre-dependentなCAG-tdTom reporterマウスラインLaura DeNardoTom McHughJosh JohansenHitoshi OkamotoRoy et al. 2022 DeNardo et al. 2019 TRAP2のキャラクタライズ論文北沢さんとのmGluR->Fosの議論をしたNR回柳下さんも参加してたFosのジャーナルクラブのNR回当論文のPeer Review File (pdf)内藤コンファレンス（第５０回グリア細胞が先導する脳機能）シャトレーゼキングダム(昔はサッポロ・テルメだった)Benjamin Deneen がastrocyte Fos taggingをしてそうだなと思ったイントロの論文Williamson et al. 2025 Nature初期のRAM論文 はFosのミニマルプロモータの上流にNpas4の活動依存エンハンサーを複数タンデムという謎デザイン (なので発現はエンドのFosともNpas4ともズレそう)Yingxi Linの本丸F-RAM/N-RAM論文 ここで使われたF-RAMはFosのミニマルプロモータにFosのエンハンサーを複数タンデム(なのでエンドのFosとのオーバーラップが高いだろうという主張)ニューロンは異なるserotypeを混ぜた方が取り込みがよい?九大・増田さんSuhdofの統計やばかったNature論文統計のFalse Posiであるという疑義Matters Arisingと、それに対するSudhofの反駁(定期ゲスト)北沢さんSteve Ramirezの2023 J Neurosci論文安田涼平さん 過去NR登場回 因みに、収録後, copyeditで文字数制限のため”eligibility”はタイトルから除かれました (長井)Karim Naderreconsolidation 総説1, 2recallとretrievalに関してはこのFrankland,Josselyn,Köhlerの総説がかなり意識的に使い分けているAtomic Force Microscopyなぜか安田さんが一時期AFMやってた一人で没頭できる環境を大切に by Bal KhakhEditorial Notes:「足首に巻いていたミサンガ（友達の子供がくれた）が切れて、ほどなくして論文アクセプトされました。ミサンガってすごいなあ」とプレスリリースの著者コメント欄に書いたら、真面目にコメントくださいと理研に消されたのでここに書いておきます。(長井)最近のあるある「ゲストのほうがNR過去回の内容をよく覚えている」。 (萩)１個のアストロサイトは何個ものシナプスを包んでいるイメージですが、Fos発現アストロはFos発現ニューロンのシナプスや細胞体に接しているのか、受容体発現変化にsubcellularな局所性はあるのか…など気になりました。あと、人工的なニューラルネットワークによる脳のモデリングを行う際、アストロサイト要素を組み込むとしたらどういう実装になるのかなぁ、など妄想が膨らみました。面白かったです！（脇）

韓国Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST)で来年2月に独立するJHUの長濱さん(@k_hammer_1001 )再登場回。前回登場時からのアップデート。 (9/11 収録)Show Notes (番組HP):連絡先:https://bsky.app/profile/k-hammer.bsky.social ; https://x.com/k_hammer_1001 ; email: knagahama1001@gmail.com長濱さんNR初回登場回井上（昌俊）さんJung Hoや井上（昌）さんとの日本神経科学会でのシンポジウムシーズンオフ、ホットシーズン：アメリカのjob marketは大体8月後半-9月から翌年2-3月がjob openingの盛んなシーズンはんべー（Hyungbae Kwon)アポスティーユ公証人¬ary: 1 や 2犯罪歴証明書Kanghoon JungSynapShot論文:Son, Nagahama et al., Nat. Methods 2024; Dimerization-dependent fluorescent protein (ddFP)とsynapse organizer (Nlgn1とNrxn1β)を用いることで、可逆性がある蛍光シグナルをベースにシナプスの構造学的な変動を追跡していくツール。 Chuljung KwakGuo, Svoboda et al. マウス行動プロトコル論文シャンデリアセル+テクスチャ―の論文iTango2の論文GRASP, mGRASP, eGRASPGFP reconstitution across synaptic partners (GRASP): Feinberg et al., Neuron 2008 https://www.cell.com/AJHG/fulltext/S0896-6273(07)01020-3mGRASP: Kim, J. et al, Nat. Methods 2012 (Jeffrey C. Magee lab)eGRASP: 明るくしてvivoへの応用※同様のシナプス形成の可視化ツールとして、Sudhof labからのSynView: Tsetsenis et al., J. Neurosci. 2014 (https://www.jneurosci.org/content/34/45/15083.short)があります（長濱）Split-GFP: beta-barrel structure of GFP (1-10 & 11th 16残基, 215-230 amino acids)とsynapse organizerを組み合わせて、シナプス形成を可視化するツール。論文：https://www.nature.com/articles/nmeth932dimerization-dependent fluorescent protein (ddFP): 二つのモノマー（copy A & copy B）がヘテロダイマーを形成することで、蛍光を発色するタンパク質。Robert Campbell研で開発。論文1 (ddRFP): Alford et al., Cell Chemical Biology 2012 論文2 (ddGFP & ddYFP): Alford et al., ACS Synthetic Biology 2012 Won Do Heo※SynapShotの論文上では、IBS (Institute for Basic Science)で独立している Sangkyu Lee もco-corresponding authorになっています（長濱）OptoTrkBの論文: SynapShot論文でもFig. 3のdual-colorのimagingで使用。Small GTPaseの論文（optogenetic manipulation toolではなく、ddFPベースのbiosensorでした（長濱））：https://www.nature.com/articles/s41467-018-08217-3KAIST (Korea Advanced Institute of Science and Technology)Tobias MeyerMeyer研からBDRで独立した方：調べたら小長谷 有美さんでした。井上（Takanori Inoue）さんかんふんのescape behaviorの論文じょんほーのセロトニンの論文牧野さんの回小川さん; NR登場回ジョブハントでお世話になった方々: UTSWの藤田（Hirofumi Fujita）さん , OHIO-State の二本垣（Yuta Nihongaki）さん, 3人目は当然Jung Ho Hyun Future PI Slackかりごうさん回Referenceをお願いした方々: Paul Worley 狩野方伸先生 かりごう (Tomomi Karigo) さん 上阪さんNelson SprustonMax Planck: Max Planck Florida Institute for Neuroscience（MPFI）H-1BやJ1: アメリカのビザの種類。ポスドクは概ねJ1（交流訪問者ビザ）で渡米し、5年満期に達したところでH-1B（非移民就労ビザ）にビザ変更を行う。みんひゃお（Minhyeok Chang） すしアカデミーは70万円かかる4つあるIST (Institute of Science and Technology): UNIST, KAISTの他に、DGIST, GIST基本的には、USと似た方式でjob openingがある: 各大学・研究所がシーズン毎にtenure-track assistant professorのpositionを募集する。Soul National University（ソウル大学）Yonsei UniversityKorea University酒に頼りがち、ボルチモアクラフトビールKajikenDaikaya新潟大学脳研のシンポ三國さん藤島さんERC (European Research Council) starting grantK: アメリカのキャリアグラントのひとつであるK99のことScienceのcommentary: We started our Ph.D.s during COVID-19. Now, we’re graduating into political chaosHigh BrainBong-Kiun KaangHee-Sup ShinEunjoon Kim IBS: Institute for Basic ScienceSebastien RoyerKIST (Korea Institute of Science and Technology) 韓国のGrant: National Research Foundation in Korea (NRF) がメイン。異なる時期にグラント締め切りあり。Korea Health Industry Development Institute (KHIDI) のようなAMEDに類似した団体もある。長濱ラボのバイオロジー:Biological commonalities across diverse psychiatric and neurological disordersSetd1aの論文Joshua A. GordonBipolar disorderとSchizophreniaがgeneticに似ている 1 2 3プレコックス感Nlgn3 KOマウスのケージメイトの行動異常論文長濱ラボ宣伝2026年2月から開設予定@Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST)Graduate School of Health Science and Technology (HST)大学院生は熱烈歓迎：https://admg-intl.unist.ac.kr/admissions/guidelines/2026 Spring 2nd 10/13/2025-10/22/20252026 Fall 4/6/2026-4/15/2026ポスドク：随時募集（予算次第ですが、興味がある方はお気軽にご連絡ください by長濱）Lab HPEditorial Notes:熱意のある大学院生・ポスドクの方々絶賛募集中です。ラボメンが皆それぞれにhappyでいられるような環境作りに向けて努力していく所存です。”日本に帰るつもりだったなら、医師免許使えよ”というツッコミは、自身に臨床医としての自覚が欠如しているため、お控えください（長濱）。韓国はインチョン空港にしか行ったことがないので、遊びに行くよい口実ができました(萩)独立おめでとうございます！日本が参考にすべきなのは、アメリカより欧州・アジアのやり方だとよく思うので、韓国アカデミアがどうやっているのかは非常に参考になりました。今後も色々伺うのが楽しみです！(脇)

定期ゲスト北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 回。直近に公開した自身のHisTrac-seqプレプリントと(と競合LagTagプレプリントの)解説回 (8/17 収録)Show Notes (番組HP):HiTrac-seqプレプリントLagTagプレプリント北沢ラボ Elowitz labDANDRITEYodai Takei et al. DNA FISH with Long Cai (Caltech)DNA Typewriter first author (Choi)Dam 元論文とかReviewとか 1 2 3 4Dam m6A は DNA replicationまで数時間は残る 1 2Jay SchendureやちえさんNozomu YachieDNA Typewriter (CRISPR)ENGRAM (Enhancer-driven genomic recording of transcriptional activity in multiplex)DCM-TM (DNA cytosine methyltranferase time machine)Vas ban SteenselJop Kindban Steensel & Kind DamID paperdTAG degronDam-Intein protein level translationPEST sequenceAndrea BrandDam protein level regulation with translation reinitiation in vivoVVF (AAV)Dam single cell paper (plate-based) 1 2 10x ATAC-seqsingle-cell CUT&Tag (10x platform) 1 2m6A-tracer live imagingnanoCT (nanobody single cell CUT&Tag) 1 2Gonçalo Castelo-Branco (Karolinska Institute)Plate scDamID (できる人が来た)DANDRITE SymposiumChao Sun (元Erin Schuman lab)Michael GreenbergAlex SchierFiona MullnerSadegh (Sadegh Nabavi)FMIはERC 75%!Thomas KimSeth BlackshawEditorial Notes:今年は帰国せず北欧の快適な夏を過ごしてしまいましたが、来年はNeuro (神戸?) 行こうと思っているのでよろしくお願いします！ (北沢)論文が出るから公開タイミングを合わせる、というのはやってきたけど、競合プレプリントが出たから急いで収録・公開というのは初パターン (萩)3年でこんなに進むもんなんですね…ってコメントしようとしたら、去年のエピソードの時点で「2年でこんなに進むもんなんですね」とびっくりしていた。来年はいくら進んでいても驚きません！(脇)

Klecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、Researchat.fmのTadasu Nozaki (@tadasu443)さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録)Show Notes (番組HP):Researchat.fmKlecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds)ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtapositiontadasuの留学紀五十嵐さん回 1 2 3 4の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました 。ありがとうございました。(tds)安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds)Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&amp;読み方分からなかった... (tds)NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds)ハンナグレイフェローシップ辞めるか否かコロンビアは謝ったけど結局予算止まっている永島さんラボStadtmanUMass Department of Biology … tadasuの就職先ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究アリとかハチは半倍数性シダの一種だと1000以上 … Ophioderma pendulum L (n= c. 630) Ninan 1958 Cytologia, 日本メンデル協会のキトロギアから出版されていた。ウチダザリガニ300とか … 2n=376 by NiiyamaカモノハシはXY染色体はたくさん … X1,X2,X3,X4,X5, Y1,Y2,Y3,Y4,Y5ホエザルの性染色体クモの性染色体Trillium (ブルワリー)エンレイソウ北大の校章相同ペアリング中の染色体の絡まりコムギは85%がリピート染色体のばらつきと適応度 … 折角ふっていただいたのに、適当な議論だったかもしれないと反省。帰国後、やっと読むことができた鶴崎先生のご著書の中で、ザトウムシと染色体のばらつき、適応度、移動性に関する議論がしっかりされていた。もうちょっとよく考えたい。鶴崎先生のザトウムシ本、面白すぎるので皆様にぜひ読んでいただきたい (tds)Hi-CdCasでのラベリング石黒さんCloneSelect齋藤さんNR出演回 1 2 3前島ラボ … 前島先生には本当にお世話になりました。世界最高峰のクロマチン・染色体研究ラボの一つだと思いますのでご興味がある方はぜひ訪問してみてください(tds)。30 nm ファイバーはアーティファクト、2008年論文、2012年論文1、2012年論文2少数性生物学 … あまりにも最高すぎてよかった。未だに少数性について考えている。少数性reunionやってほしい。今ならいろいろ議論できることもありそう。(tds)永井先生ディクティの面白い生態 … このニュースレターのP.17で堀川先生が議論されている、細胞何個で子実体ができるのか問題。実はディクティは減数分裂に非常に重要なSpo11とRec8というタンパク質のホモログを持っておらず、その実態は謎に包まれている (tds)。Denoisingの論文平岡先生Horsetail Movement論文分裂酵母と出芽酵母の減数分裂方法の違い … 分裂酵母は染色体が少なくてみやすい。が、真核生物で広くみられるsynaptonemal complexがない（似たような構造はある)。そして、crossover interferenceも分裂酵母にはない。出芽酵母にはsynaptonemal complexとcrossover interferenceの両方がある。組換えの分子メカニズムは良く保存されている。岡田先生野地先生少数性生物学トレーニングコース … 最高だった(tds)Woods Hole MBLのトレーニングコースAlphaFold3のコード公開に関するゴタゴタDDBJアメリカの気象情報が無くなる？Cas9と配列は似てないが構造が似ているもののスクリーニング … LLMで生成してAlphafoldで予測、その中から良さげなものを人力でチェック！といいつつこれも一年前の論文なのでその後の動向をチェックする必要がある。50%ではなかったかも...FoldseekJerry Chenの論文について扱ったNR回浜ホトのORCA-Quest (最新型の2)ORCA-Fusion BTAndorのiXon EMCCDORCA-Flash (最新型の4 v3)W-View Gemini木下Jr: 安田さんの大学院時代の指導教官、故・木下一彦氏Gemini を使った仕事(再掲)ScanImage8個同時パッチ in vitro のコンフィグレーション酵母のTetrad dissectionGitHubをラボノートにするリサーチャット蛇口回Towards an understanding of the mechanism of heredity by Whitehouse … 読み比べた中では、メンデルからChromosome theory, crossover, linkage, mutation, geneまでの導出がすばらしい。クセが強すぎるのは間違いないが、遺伝学は実験に裏打ちされた論理的推論の学問であることを感じさせられる。論理的推論による遺伝学の研究系譜をちゃんとまとめたい (tds)。A history of genetics by Sturtevant PierceかGriffiths の教科書が、一般的なものの中では良さそう (tds)。物語 遺伝学の歴史 … 宮脇書店をぶらぶらしていたら見つけた平野先生の本。本当に内容がすばらしい。参考になるとおもったら上記のSturteavantの本を一部参考にしているとのことでした。入門として、そして研究者にも知識の整理としておすすめの本です。京都大学吉川秀夫先生の解説もとても参考になった(tds)。遺伝 … 1947年刊行。遺伝学普及会が作成している(隔？)月刊誌。某大学でバックナンバーを読んでいる。あまりにもおもしろすぎてまだ遺伝研が設立(1949)する年まで到達していない。遺伝学者がこれだけ自由闊達に議論している長期雑誌は世界にも類を見ないのではないだろうか。日本帰国時にちまちま読んだとして、最新号に到達するまで何年かかるのやら...1948年のどこかに書かれていた東北のあっぴ様（方言であひるらしい）という短脚の家系に関する調査はあまりにもおもしろくて圧巻だった。ルイセンコ騒動下の議論も生々しい。いつかセレクション集をつくりたい (tds)。菅野さんNR回小さいオンラインセミナーMAYosis 2023 … 小さいといっても参加者は数百人(?)ぐらい。このセミナーで私の研究の話を初めて聞いたという人も多く感謝している。運営の方々に感謝です (tds)COSYNE遺伝研総研大Vanderhaeghen lab岩田さん鐘巻ラボ西村さん渡瀨 成治さん<a href="https://www.zlab.bio/" target="_blank" rel="ugc noopener

Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、後編。釣り生活、SC (superior colliculus)での音表象の仕事、Allenに移ってからの仕事、LLMの発展による日々の仕事への影響、など (6/20 収録)Show Notes(番組HP):Walmart なんでも売ってる全国チェーンのスーパー。銃も売ってる。Rockfish メバル(?)SCの音のspatial map論文 (Ito et al., 2020)頭部輸送(伝達)関数、Head-Related Transfer Function, HRTF音のタイミングの差で音源定位、トリは脳幹のディレイラインでやっているが、マウスはどうやら違う、というコメンタリ論文。 解説:バットなどの小さな哺乳類でInteraural Tining Difference (ITD)が定位に機能しないのはわかっていて、その外挿としてマウスもITDを使用しないだろうということは言われていました。2020の論文はITDがSCの Spatial RF および空間マップに寄与しないことを言っていて、behaviorの実験はしていないので、他の脳部位の活動にITDが寄与する可能性は排除しません。SCのマップに関してはマウスでの最初の論文になるのでそれに対してどの要素(ILD, ITD, Spectral)が影響しているかについても最初の報告となります。(伊藤)Tucker-Davis Technologies (TDT) マルチセンサリー論文SCのvision mapを崩すEph genetic manipulationモデルとその応用Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文去年出た伊藤さんのvisual-behaviorのcell-typeモデル解析論文Change detection taskMarinaのplatform paper、VIPのsurprise表象が主なfinding (気づけば最初のプレプリントから既に2年経っている)Stabilized supralinear network by Ken MillerAlexの同データセットをHMM-GLMで解析した論文MarinaのeLife (Visual Behavior部隊の1st Gen Flagship論文)Shohei Furutachiの論文、上記のplatform paperとコンセプトがやや被ったSimuationでマルチパッチと対をなす元データの一つ:EMでconnectivityを大規模に調べた仕事 (MICrONS)Billeh et al., 2020 元になったAntonのグループの大規模シュミレーション仕事の前作Scanziani-Lienモデル: Lien&amp;Scanziani 2013, 2018Mrsic-Flogelのlike-to-like connectivityを実験的に示した一連の仕事 1,2,3Wolfgang MaassのTensorflowトレーニング論文NVIDIA A100ADAMオプティマイザExponentiated ADAM Exponentialと言い間違えていましたが、正しくはExponentiatedですね(伊藤)Transformerの初出は2017年Matthew Botvinick 気づいたらなぜかYaleのLaw SchoolにいるAntonは小説家A. BrainAge of Cindyユヴァル・ノア・ハラリ21 Lessons for the 21st CenturyNexus: A Brief History of Information Networks from the Stone Age to AIサピエンス全史銃・病原菌・(鉄) ジャレド・ダイアモンド伊藤さんの新潟での登壇予定:Advances in Brain Modeling and AI applications (7/25に本学会)Connecting Digital Brains Across the World (7/23のサテライト)Editorial Notes:収録した話を聞いてるとこの人NeuroscienceそのものよりNeuroscience周辺の技術の方が好きなんじゃないの、と思いました。Neuromorphic chipに触ってみたいです。(伊藤)スマブラ強化学習とNVIDIAの株価の話をするのをすっかり忘れてました。あと”北大卒で音源定位”というとどうやってもマークKonishiなわけですが、その話をするのも忘れました。また次回のお楽しみということで (萩)Blue Brain Projectみたいなのを想像していましたが、それとは違ってプロジェクト毎に目的が設定されていく感じが新鮮でした。シンポジウム楽しそう (脇)

予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録)Show Notes (番組HP):渦中のハーバード(pdf)コロンビアのNIHグラント停止Hiring Freeze Announcementデモに参加したらビザ停止Stand Up For ScienceTwitterで告知2年ルールのWaiver濱崎さん回401(k)iDeCoReddit: Fire Flow Chart Version 4.3Reddit: 401(k) max vs mortgage payment三権分立の憲法への反映はアメリカが先五十嵐さん回 1 2 3 4NSFはFellowshipを出す数が半分にRedditに降臨２ちゃんに柳沢先生ご本人登場マウスも毛むくじゃらにのプレプリント狼復活論文紹介論文１：Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolutionSabatini (弟) ラボ安田さん回Jablonski図Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目)Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf)注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩)Fiber Photometry を流行らせたのはDラボロックインアンプFLIM用のcAMPセンサーWash UのYao ChenCholinergicセンサーFLIM転用Becker &amp; HicklのFLIMInstant FLIM前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回David AndersonのState論文、たとえば 1 2 3脳の温度は結構変わるpHも睡眠とかで変わる未来予想回齋藤さん回 1 2 3論文２：Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technologyナノポアレビューDpo4CMOSによる並列化の例ONTのNanoporeONTを使ったリード精度benchmark研究階段状の建物元根さんProtein Sequencing日本語解説本社のプレスリリース動画Editorial Notes:The Apprentice の参加者になった気分です (脇)大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんラボHP(更新が滞りがち) LinkedInベイラー医科大学動物育種繁殖学教室今川和彦先生着床現象は種特異的臍帯形成などに異常があるVps26a(Hβ58)の変異マウス 1 2Hugo BellenJan and Dan Duncan Neurological Research InstituteHugoによるレビューScott Emr武田洋幸先生多羽田哲也先生後藤聡先生Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5Gerry RubinAllan SpradlingThomas CechSeymour Benzer追悼記事 1 2Thomas Hunt Morganハエ研究の黎明期メンデルによる遺伝子の提唱と再発見津田梅子先生がMorganのところでやった仕事メンデルの法則Hermann Muller放射線による遺伝子の破壊・改変を発見Marie Curieの死因発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった最初のNotchミュータントの欠けている翅HomozygousだとNeurogenic phenotypeAntennapediaとUltrabithoraxハエの記憶に関する最初の報告この系をつかった最初のL&amp;Mの変異体、dunceの論文(cAMPの分解酵素)サーカディアンリズムのperiod変異体の論文ShibireはDynaminに関する変異体Kir2.1NaChBac遺伝学的手法を用いてハエの神経活動を操作する(リンク先Table2)GSAによるショウジョウバエの学会CSHLのNeurobiology of DrosophilaJaneliaのconferenceNRでショウジョウバエを扱った回Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学)Chemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられるarmadillo (arm)＝ハエのβ-Catenin Christiane Nüsslein-VolhardEric WieschausThe Heidelberg screen回顧録MARCM利根川先生のCaMKII-Creを用いたconditional KO (訂正：CaMKIIをcKOしたんじゃなくて、CaMKII-Creを用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山)Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの初出論文 レビューハエのElectroretinogram(ERG) 1 2ｍusashiとハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット岡野先生らによるmusashi発見博士の時にやったスクリーニング結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文ApoE2とE4: 逆でした (by 山)ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献HapMap project1000 Genomes projectCenter for Mendelian GenomicsRichard GibbsJames LupskiSynteny(シンテニー)Complementation test(相補性検定)LiqinのMARCM EMS Screenの例Hippo signaling pathway レビューこのPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本） 1 2 3 4ハエのin vivo RNAiのライブラリ 1 2 3RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う：Cell論文のFig. 2CRISPRも含めて、Mammalの例 1 2Rett Syndromeの原因遺伝子はMECP2Huda Zoghbiハエ遺伝子のヒト化T2A-GAL4Kozak-GAL4Mutationの機能的分類(Muller's morphs)Undiagnosed Diseases Network(UDN)NIH CommonfundBRAIN initiativeUDN Model Organisms Screening Center<a href="https://plaza.umin.ac.jp/irud/" target="_blank"

University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes (番組HP): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ 日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文 かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー 留学先の所属ラボ：Jay Shendureラボ 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文 最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー JayのGestalt イベントのレコーディング シュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン 下流のBrachyury (T)という転写因子 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文 とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ ２ ３ ４ の出版論文としての結果 1 2 3 4 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7 10x sci-RNA-seq3 Smart-seq3 Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ） マーカージーンをGPTに入れると予測してくる Mappingする方法 UMAPのco-embedding Foundation modelを作っていく例 今村さん とやっていたgene regulation Zygotic genome activation 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？（pdf） 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない ダーウィン vs ルイセンコ iPSで精子作成している例 減数分裂？に関するプレプリント パキテンで止まっている 山中論文は24から4へ 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。&lt;- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 Polony Sequencing 最近宇宙とか言ってる I-5: 東海岸を縦に貫く道路 At the Helm: Leading Your Laboratory Westlake University 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れない ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった 培養ニューロンにゲームさせてる論文 Retinaからのprojectionを再現 ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文 海馬とTransformerの関連を議論した論文 目の実装、イカとの違い 流行ウイルス予測の研究 エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2 臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) Anhedoniaの論文 加齢と記憶力、最近出た Bipolarのモデルマウスを作るような研究 小頭症オルガノイド Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま 4因子発現による若返りベンチャー 1 2 Seattle Hub for Synthetic Biology Cole Trapnell lab 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)

鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes (番組HP): 菅野さん 個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース 鹿児島大学 人文社会学研究科 公認心理師 アカデミックグルーヴ本 から派生した法人 清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士 公認心理師と臨床心理士の違い 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻 田尾さん 国立大学の中期計画 3期 4期 文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ 半分co-メンター：田川さん 早稲田大学人間科学部 山元大輔先生 Satori遺伝子 山元先生達によるSatori関連の続報 長谷川眞理子先生 長谷川寿一先生 山内 兄人先生 性分化の研究 石浦 章一先生 による一般向けの本いろいろ 菊水先生 星野先生 岡ノ谷先生 苅郷さんの NR回 丸山工作先生 遺伝研の小出先生 高橋阿貴さん 武田先生 博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位USVCAM論文 大隅先生 個性創発脳の新学術 揚妻先生 富山大の松本先生 産総研の橘さん と一緒に書いたUSVSEG論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん 苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う １ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント 学生向けのスクラップボックス 石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声 動物心理学会 タッチモニタを用いたマウス実験系(pdf) 編集長である後藤さん 九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭 山口のYCAM ゲンロンのシラス かごしま環境未来館 くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー 担当している講義の一覧 スタンフォード監獄実験 ミルグラムの罰を与える実験 注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性（菅野） マンハッタンで暴動 文系のための生命科学 岡ノ谷先生の書籍 渡辺茂先生 脳神経科学イラストレイテッド 脳科学辞典 ベストティーチャー賞 近藤滋先生が自邸で行った研究 高木正勝 風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント 坂井克之先生 高木正勝と坂井先生のトークイベント 東北大の長神さん 情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ <a href="https://ascii.jp/elem/000/000/216/216233/" target="_blank"